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siRNA 产品使用说明
常规化学合成 siRNA 为 21~23nt 的双链小分子 RNA ,产品为冻干粉形式的即用型试剂。
运输保存:
产品以冻干粉的形式常温运输。收到产品后,请于-20℃~-80℃保存,冻干粉可以稳定保存一年。 使用前瞬时离心,用 RNase-freeH2O 或灭菌 ddH2O 配制成 20 μM 储存液,分装保存,避免反复冻融(建议不超过 5 次)。
表 1 20 μM 储存液的配置方法
siRNA(nmol) | 2.5 | 5 | 10 | 50 |
溶解体积(μL) | 125 | 250 | 500 | 2500 |
注:1OD duplex=2.5 nmols=40 μg
使用知:
1) siRNA 呈很轻的干膜状附在管壁上,打开管子前先离心,然后再慢慢打开管盖,溶解时请加足量 RNase-freeH2O 或 灭菌 ddH2O 后盖上管盖,震荡溶解。
2)为避免外界因素(包括酶,极端 pH 或者温度条件等)导致产品降解,所有操作请严格遵循 RNA 操作规则。实验过 程中,产品最好于冰上放置,使用完毕后请于-20℃~-80℃小心保存。
细胞实验方法:
为了降低细胞密度、试剂用量,转染效率等因素导致的孔间差异,保证实验的可靠性和可重复性,我们建议:
1) 转染实验中每个转染样品至少设置 3 个复孔;
2) 接种细胞时,每孔接种的细胞数量尽量保持一致,尽量使细胞在各孔的表面平均分布。
1. 转染浓度:
1) 为了获得最佳基因阻断结果,每一种细胞系转染 siRNA 的量都需要经过实验确定。如果您是首次转染您的细胞 系,推荐尝试使用几个 LipofectamineTM 2000 的浓度,并在 20-100nM 范围内改变 siRNA 的浓度, 以确定达到 最佳基因阻断水平所需要的条件。高浓度的 siRNA 可能具有细胞系依赖性。
2) 在 30-50%细胞汇合度时进行转染。通常基因沉默分析至少要在转染后 24-72 h 进行。低密度转染细胞可以使 转染和分析之间的间隙更长,从而使由于细胞过度生长造成的细胞活性损害减少到最低。根据靶基因的特性, 高密度转染的细胞可能更加适合条件的优化。
3) 不要在转染时的培养基中加入抗生素,因为这将会降低细胞转染的效率和导致细胞死亡。
4) 为了获得更好的结果,可以使用 Invitrogen 的 Opti-MEM 低血清培养基在形成复合物前稀释LipofectamineTM 2000 和 siRNA。可以使用荧光标记的 siRNA 帮助优化细胞系的转染条件。一旦确定了用来转染的最佳条件,可以在每一次实验都包括荧光标记 siRNA ,作为转染效率的指示剂。
2.转染步骤:
以 LipofectamineTM 2000 转染 siRNA 于 24 孔板,转染浓度为 50nM 为例,其他规格容器转染请参考 2。
1) 接种细胞
贴壁细胞:转染前 24h,在 400 µL 无抗培养基中接种 0.5-2×105个细胞,转染时细胞融合度为 30 - 50% 。 (注:铺板时要将细胞消化完全混匀,避免细胞堆积生长。)
悬浮细胞:转染前 24 h,在 400 µL 无抗培养基中接种 0.5-2×105个细胞,转染时细胞数量应在 4- 8×105/孔。
2) 转染步骤
A. 用 50 µL Opti-MEM 稀释 siRNA (转染细胞的终浓度为 50 nM),轻轻吹吸 3 - 5 次混匀。
B. 轻轻颠倒混匀转染试剂,用 50 µL Opti-MEM 稀释 1.0 µL LipofectamineTM 2000,轻轻吹吸 3 - 5 次混匀,室温 下静置 5 min。
C. 混合转染试剂和 siRNA 稀释液,轻轻吹吸 3 - 5 次混匀,室温下静置 20 min。
D. 转染复合物加入到 24 孔细胞板中,100µL/孔,前后轻摇细胞板混合均匀。
E. 细胞板置于 37℃、5% CO2培养箱中培养 18 - 48 h,转染 4 - 6 h 后可换新鲜培养基表。
表 2 转染 siRNA 产品用量参考
V1:完全或不完全培养基;V2:Opti-MEM®I(无血清、抗生素,转染专用)
孔板 | siRNA终浓度 | 20µMsiRNA/孔 | siRNA 稀释体积 (Opti-MEM) | 转染试剂量/孔 (Lipo2000) | Lipo2000 稀释体积 (Opti-MEM) | 每孔中总体积(V1+V2) |
96-well | 100nM | 0.5µL | 25µL | 0.25µL | 25µL | 100µL (50µL+50µL) |
50nM | 0.25µL | 25µL | 0.25µL | 25µL | 100µL (50µL+50µL) | |
30nM | 0.15µL | 25µL | 0.25µL | 25µL | 100µL (50µL+50µL) | |
20nM | 0.1µL | 25µL | 0.25µL | 25µL | 100µL (50µL+50µL) | |
10nM | 0.05µL | 25µL | 0.25µL | 25µL | 100µL (50µL+50µL) | |
24-well | 100nM | 2.5µL | 50µL | 1µL | 50µL | 500µL (400µL+100µL) |
50nM | 1.25µL | 50µL | 1µL | 50µL | 500µL (400µL+100µL) | |
30nM | 0.75µL | 50µL | 1µL | 50µL | 500µL (400µL+100µL) | |
20nM | 0.5µL | 50µL | 1µL | 50µL | 500µL (400µL+100µL) | |
10nM | 0.25µL | 50µL | 1µL | 50µL | 500µL (400µL+100µL) | |
12-well | 100nM | 5µL | 100µL | 2µL | 100µL | 1mL (800µL+200µL) |
50nM | 2.5µL | 100µL | 2µL | 100µL | 1mL (800µL+200µL) | |
30nM | 1.5µL | 100µL | 2µL | 100µL | 1mL (800µL+200µL) | |
20nM | 1.0µL | 100µL | 2µL | 100µL | 1mL (800µL+200µL) | |
10nM | 0.5µL | 100µL | 2µL | 100µL | 1mL (800µL+200µL) | |
6-well | 100nM | 10µL | 250µL | 5µL | 250µL | 2mL (1500µL+500µL) |
50nM | 5µL | 250µL | 5µL | 250µL | 2mL (1500µL+500µL) | |
30nM | 3µL | 250µL | 5µL | 250µL | 2mL (1500µL+500µL) | |
20nM | 2µL | 250µL | 5µL | 250µL | 2mL (1500µL+500µL) | |
10nM | 1µL | 250µL | 5µL | 250µL | 2mL (1500µL+500µL) |
注:表中数据仅供参考,对于部分细胞类型的转染试剂用量可进一步优化。
3.效果检测
转染完成后 24~72 小时均可进行 siRNA 沉默效果检测,最佳检测时间与细胞类型、转染试剂、检测目的相关。
1) RNA 水平的检测:mRNA 是检测 siRNA 沉默效率的最佳指标,siRNA 转染后 24~72 h 即可检测到靶基因 mRNA 表达明显降低,检测方法宜采用 qPCR 检测方法。注:引物设计质量很重要,需要确保检测引物有效性。
2) 蛋白水平的检测:蛋白是 RNAi 沉默效率的重要指标,其检测手段主要为 Western Blot 等。检测时间受细胞内蛋 白质表达量、半衰期等因素的影响,一般为 48~96 h。
3) 功能筛选:应用 EdU 细胞增殖、EdUTP 细胞凋亡等方法进行细胞功能筛选。
动物实验:
提供动物实验用的各种修饰 siRNA 产品。
修饰方式:由于动物实验对 siRNA 稳定性的要求较高,尽管未修饰的 siRNA 也可以进行动物实验,但是以 Chol, OMe,PS 修饰的 siRNA 效果较好。
给药方式:局部给药:最直接的导入方式,siRNA 的导入效率较高,用量少,siRNA 能很快被吸收。适用于浅表器官和 组织,包括眼、肌肉、皮下组织等。
系统给药:一些无法通过局部给药方式到达的靶位,如内脏,器官以及一些散列分布的靶位(如淋巴细胞,转移性肿瘤 细 胞等),可使用系统性注射方式,具有广泛的组织分布,包括心、肝、脾、肺、肾等。