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染色质免疫沉淀(ChIP)试剂盒,LK-6916
产品概述
本染色质免疫沉淀(ChIP)试剂盒提供完整的实验流程和试剂,用于研究转录因子与DNA结合位点的相互作用。适用于高通量测序(ChIP-Seq)或定量PCR(ChIP-qPCR)分析。
产品规格
- 试剂盒包含40次ChIP实验所需试剂。
- 储存条件:部分试剂需-20℃保存,部分试剂需4℃保存。
1. 简介
染色质免疫沉淀(ChIP)是一种用于研究蛋白质与DNA相互作用的技术。通过交联、裂解、免疫沉淀和DNA纯化等步骤,可鉴定特定转录因子或组蛋白修饰在基因组中的结合位点。
2. 技术路线
1. 交联:用甲醛固定细胞,使蛋白质与DNA交联。
2. 细胞核制备:裂解细胞,提取细胞核。
3. 超声裂解:将染色质片段化为200-1000 bp的片段。
4. 免疫沉淀:使用特异性抗体富集目标蛋白-DNA复合物。
5. 洗涤与洗脱:去除非特异性结合,洗脱目标DNA。
6. 解交联与纯化:逆转交联,纯化DNA用于后续分析。
3. 试剂列表
编号 | 试剂名称 | 体积(40次) | 储存条件 |
1 | 甘氨酸溶液 | 40 mL | 4℃ |
2 | 裂解缓冲液1 | 40 mL | 4℃ |
3 | 裂解缓冲液2 | 20 mL | 4℃ |
4 | 裂解缓冲液3 | 36.8 mL | 4℃ |
5 | 琼脂糖磁珠 | 3 mL | 4℃ |
6 | Protein A/G磁珠 | 800 μL | 4℃ |
7 | 洗脱缓冲液 | 28 mL | 4℃ |
8 | 洗涤缓冲液 | 80 mL | 4℃ |
9 | TE洗涤缓冲液 | 80 mL | 4℃ |
10 | 1×TE缓冲液 | 16 mL | 4℃ |
11 | EDTA溶液 | 320 μL | 4℃ |
12 | 5M NaCl溶液 | 2 mL | 4℃ |
13 | 糖原 | 80 μL | 4℃ |
14 | 无菌水 | 4 mL | 4℃ |
21 | 蛋白酶抑制剂 | 960 μL | -20℃ |
22 | DTT溶液 | 960 μL | -20℃ |
23 | 封闭液 | 40 mL | -20℃ |
24 | IgG抗体 | 100 μL | -20℃ |
25 | RNase A | 640 μL | -20℃ |
26 | Proteinase K | 320 μL | -20℃ |
注意:
- 4℃保存的试剂若出现粘稠或絮状物,使用前需恢复至室温或37℃预热至澄清。
- 保质期为12个月,详见外包装标签。
4. 操作步骤
4.1 交联
1. 用1%甲醛固定细胞,室温交联10分钟。
2. 加入甘氨酸终止交联,冰上孵育5分钟。
3. 离心收集细胞,用PBS洗涤两次。
4.2 细胞核制备
1. 用裂解缓冲液1和2裂解细胞,离心收集细胞核。
2. 用裂解缓冲液3重悬沉淀,冰上裂解10分钟。
4.3 超声裂解
1. 超声破碎染色质至200-750 bp(ChIP-Seq)或300-1000 bp(ChIP-qPCR)。
2. 离心取上清,电泳检测片段大小。
4.4 免疫沉淀
1. 将样品分为IP组、IgG组和Input组。
2. IP组加入特异性抗体,IgG组加入对照抗体,4℃孵育过夜。
3. 加入Protein A/G磁珠,室温结合30分钟。
4.5 洗涤与洗脱
1. 用洗涤缓冲液和TE洗涤缓冲液洗涤磁珠。
2. 用洗脱缓冲液65℃洗脱DNA。
4.6 解交联与纯化
1. 65℃解交联6小时或过夜。
2. 用RNase A和Proteinase K处理样品。
3. 乙醇沉淀DNA,溶解于无菌水中。
5. 对照设置
组别 | 描述 | 检测基因 |
Input组 | 样本对照组 | 阳性对照、GAPDH、研究基因 |
IP组 | 实验组 | 阳性对照、GAPDH、研究基因 |
IgG组 | 阴性对照组 | 阳性对照、GAPDH、研究基因 |